ISO9000管理体系的初次审核一般分为两个阶段实施。第一阶段审核侧重于体系的策划情况，包括文审和现场审核，其中FSMS、工程建设施工企业QMS以及其他风险高的情况，一阶段必须实施现场审核；第二阶段审核侧重于体系的运行实施情况，包括有效性，涉及受审核方所有部门和活动。

第一阶段审核：

以ISO9000质量管理体系/ISO14001环境管理体系/OHSAS18001职业健康安全管理体系为例，第一阶段审核应包括以下内容：

1》审查客户管理体系文件的符合性和适宜性；

2》评价客户的运作场所和现场的具体情况，并与客户的人员进行讨论，以确定第二阶段审核的准备情况；

3》审核客户组织现解和实施标准要求的情况，特别是对管理体系的关键绩效或重要的因素、过程、目标和运作的识别情况；

4》收集关于客户组织的管理体系范围、过程和场所的必要信息，以及相关的法律法规要求和遵守情况，包括相应的许可证和政府抽查结果的核查；

5》审查第二阶段审核所需资源的配置情况，并与客户组织商定第二阶段审核的细节；

6》充分了解客户组织的管理体系和现场运作，以便为策划第二阶段审核提供关注点；

7》评价客户组织是否策划和实施了内审与管理评审，以及管理体系的实施程序能否证明客户已为二阶段审核做好准备。

第二阶段审核：

第二阶段审核应在具备实施认证审核的条件下进行，其目的是在客户组织的现场通过系统地、完整地审核，以评定客户组织的管理体系是否满足所有适用的认证准则的要求，是否推荐认证注册。审核应至少包括以下内容：

1》与适用的管理体系标准或其他规范性文件要求的符合情况及证据；

2》依据客户组织的目标和指标，对绩效进行的监视和测量结果；

3》客户组织管理体系遵守法律、法规方面的有关证据；

4》客户组织活动、过程的运行控制情况；

5》内部审核和管理评审的实施情况；

6》客户组织方针、目标和指标的落实情况；

7》客户组织申请评审信息的现场确认；

8》依据现场审核的情况，形成审核发现和审核结论，并与客户组织沟通确认。